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硝化细菌，芽孢杆菌和乳酸菌的主要缺点
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主要缺点：一，硝化细菌的繁殖速度慢，一般异养型微生物可在几十分钟内增殖一倍数量，而硝化细菌则要1一2天才能增殖一倍的数量。
二，硝化细菌对水体环境要求高，生长速度慢，难以快速处理水质急剧恶化问题。硝化细菌适宜生长在有机物浓度低的环境中，水体中过多的有机物会抑制硝化细菌的生长与繁殖，减缓亚硝酸盐的降解速度。
芽抱杆菌生长速度快，能迅速降解养殖池中鱼虾排泄物，残饵，尸体等有机物。
主要缺点：水体中亚硝酸盐含量会出现反弹。由于芽抱杆菌大多具有硝酸盐还原能力，能将硝酸盐还原为亚硝酸盐。因此，在水质急剧恶化的养殖水体中使用芽抱杆菌制剂，起初氨氮水平快速降低，亚硝酸随之也降低，但随后水体中亚硝酸盐含量出现反弹。
乳酸杆菌在自然界分布最为广泛，是地球生物圈的一个重要成员，在厌氧或兼性厌氧条件下能分解利用多种有机碳，氮物质。
主要缺点：乳酸杆菌不易保存和运输,易受温度影响
